Tim Peneliti di Surabaya Klaim Mampu Deteksi Omicron Hanya dengan PCR

TEMPO.CO, Jakarta - Profesor Nidom Foundation di Surabaya, Jawa Timur, mengklaim memiliki metode pemeriksaan sampel Covid-19 yang bisa dengan cepat menentukan apakah seseorang terinfeksi virus varian Omicron atau tidak. Metodenya tetap dengan PCR tapi tanpa harus melangkah lebih jauh dengan whole genome sequencing yang dikenal mahal.

Tim di PNF menamakan metodenya itu Multiplex RT-PCR atau One for All. Kuncinya adalah pada modifikasi primer-primer yang disusun yang memungkinkannya mengenali infeksi enam varian Covid-19 sekaligus: Alfa, Delta, Delta Plus, Beta, Gamma ataukah Omicron. "Cara ini sangat simpel untuk mempercepat identifikasi varian," kata Chairul Anwar Nidom, Ketua Tim PNF, Jumat 11 Februari 2022.

Waktu yang dibutuhkan metode Multiplex RT-PCR untuk bekerja mendeteksi suatu sampel adalah 10 hingga 20 jam dengan biaya Rp. 475 ribu. Perbandingan yang diajukan oleh PNF adalah teknik WGS yang membutuhkan waktu tujuh hari dan biaya mencapai hingga tujuh juta rupiah.

Nidom menjelaskan, metode yang dikembangkan PNF sama membutuhkan langkah pertama dilakukan tes PCR biasa untuk mendeteksi suatu sampel apakah positif atau negatif Covid-19. Jika positif, maka pemeriksaan diteruskan dengan melakukan apa yang disebutnya PCR varian tersebut. Pada tahap ini tim di PNF menyusun primer dari masing-masing varian, yang spesifik berdasarkan pola mutasi yang tidak dimiliki varian lainnya.

"Sehingga saat dijalankan, maka primer akan menempel pada varian yang sesuai," kata Guru Besar Ilmu Biokimia dan Biologi Molekular Universitas Airlangga (Unair) itu sambil menambahkan bahwa One for All khusus mendeteksi pada struktur spike--protein paku pada virus corona. "Kalau whole genome sequencing kan mendeteksi seluruh tubuh virus Covid,” katanya lagi.

Nidom yang telah meneliti virus corona sejak era wabah flu burung tersebut memastikan primer yang disusun timnya berasal dari pola mutasi virus yang ada di Indonesia, dan telah teruji. PNF, menurut Nidom, melakukan whole genome sequencing dan telah menyumbang mendaftarkan beberapa informasi sampel SARS-CoV-2, virus corona penyebab Covid-19, yang termasuk varian Wuhan dan Delta ke GISAID.

"Pengujiannya...kami memiliki virus Covid yang sudah di-WGS dan didaftarkan ke GISAID. Saat varian yang muncul diduga Omicron, segera kami WGS dan betul..demikian seterusnya," katanya menerangkan.

Seperti diketahui virus varian Omicron dikenal tak memiliki ciri khusus dan kerap sulit dibedakan dari virus Covid-19 varian lain pada hasil tes PCR. Varian ini sebagian bisa diindikasikan keberadaannya lewat S-gene target failure pada PCR, namun belakangan juga diketahui ada subvariannya yang tak menunjukkan ciri yang sama. Itu sebabnya ada kebutuhan mengurutkan genom keseluruhan untuk memastikan ada tidaknya infeksi Omicron.

Sejauh ini, Nidom mengatakan, metode Multiplex RT-PCR baru sebatas digunakan mandiri di PNF. Nidom berharap metodenya itu bisa membantu masyarakat lebih cepat mengetahui varian bagi setiap yang positif tes Covid-19. Beberapa contoh hasil pemeriksaan dengan Multiplex RT-PCR menunjukkan metode itu mampu mengidentifikasi varian Omicron di satu sampel, atau Delta di sampel yang lain, atau negatif seluruh varian di sampel yang ketiga.

Baca juga:
Menkes Akan Sebar Alat PCR Khusus yang Bisa Deteksi Omicron