TEMPO.CO, Jakarta - Garvan Institute of Medical Research, Australia, bekerja sama dengan University of Peradeniya, Sri Lanka, mengembangkan aplikasi di smartphone yang memungkinkan untuk analisis cepat genom SARS-CoV-2. Waktu yang dibutuhkan untuk analisis itu tak sampai setengah jam.

Aplikasi itu diberi nama Genopo dengan tujuan membawa aktivitas analisis genom virus corona penyebab Covid-19 sampai ke daerah-daerah terpencil di mana fasilitas kesehatan yang tersedia minim.

Seperti diketahui, perangkat nanopori yang mutakhir memungkinkan para ilmuwan memliki alat seukuran usb untuk membaca atau mengurutkan materi genetik dalam sampel biologis di luar laboratorium. Teknologi ini telah digunakan untuk pemantauan wabah Ebola di Afrika Barat, memprofilkan komunitas mikroba di Kutub Utara, dan menentukan evolusi virus corona selama pandemi saat ini.

Masalahnya, untuk menganalisis data mentah yang dikumpulkan masih memerlukan akses ke daya komputasi atau server berkapasitas besar. Ini karena ilmuwan perlu memecah banyak untaian rantai genetik DNA dan RNA menjadi satu urutan dan menunjukkan contoh variasi genetik yang menjelaskan bagaimana virus berevolusi.

Penulis studi Ira Deveson yang juga mengepalai Pusat Genomik Klinis, Genomic Technologies Group di Garvan Institute menerangkan, tidak semua orang atau ilmuwan memiliki akses ke sumber daya komputasi tersebut. "Tapi kebanyakan orang memiliki akses ke ponsel cerdasnya," ujar dia, seperti dikutip Phys, Selasa 29 September 2020.

Menurut Deveson, analisis genomik yang cepat dan real-time lebih penting saat ini daripada sebelumnya, sebagai metode utama untuk melacak penyebaran Covid-19. Itu artinya harus mampu lepas dari ketergantungan bukan saja kepada laboratorium canggih tapi juga pemrosesan komputer server kelas atas atau layanan cloud.

Baca juga:
UGM Kembangkan Tes Covid-19 Lewat Napas, Akurasi Uji 97 Persen

"Aplikasi kami membuat analisis genomik lebih mudah diakses, secara harafiah menempatkan teknologi ke dalam kantong para ilmuwan di seluruh dunia," kata dia menambahkan. Deveson dan koleganya melaporkan studi dari aplikasi Genopo itu dalam Jurnal Communications Biology.

<!--more-->

Insinyur Sistem Komputasi Genomik di Garvan Institute, Hasindu Gamaarachchi, menerangkan aplikasi yang dikembangkan dapat menjalankan alur kerja bioinformatika pada kumpulan data pengurutan nanopori yang diunduh ke ponsel cerdas. Proses rekayasa ulang yang dipelopori oleh Hiruna Samarakoon itu diperlukan untuk mengatasi sejumlah tantangan teknis karena berbagai kendala sumber daya pada smartphone.

"Aplikasi Genopo menggabungkan sejumlah alat bioinformatika yang tersedia ke dalam satu aplikasi Android, 'miniatur' untuk bekerja pada kekuatan pemrosesan perangkat Android," kata Gamaarachchi.

Baca juga:
Amerika Pilih Tes Covid-19 Pakai Antigen, Ini Bedanya dari Antiobodi dan PCR

Para peneliti menguji Genopo pada data sekuens mentah sampel virus yang diisolasi dari sembilan pasien Covid-19 di Sydney. Data juga melibatkan ekstraksi dan penguatan RNA virus dari sampel swab, mengurutkan DNA yang diperkuat dengan perangkat MinION dan menganalisis data di smartphone.

Mereka juga menguji aplikasi pada perangkat Android yang berbeda, termasuk model dari Nokia, Huawei, LG dan Sony.

Aplikasi Genopo membutuhkan waktu rata-rata 27 menit untuk menentukan urutan genom SARS-CoV-2 lengkap dari data mentah, yang menurut para penelitinya membuka kemungkinan untuk analisis secara real-time di lokasi pasien dirawat. Mereka juga menunjukkan bahwa Genopo dapat digunakan untuk profil metilasi DNA--suatu modifikasi yang mengubah aktivitas gen--dalam sampel genom manusia.

"Kami berharap ini akan membuat genomik lebih mudah diakses oleh peneliti untuk membuka informasi dalam DNA atau RNA untuk kepentingan kesehatan manusia, termasuk dalam pandemi saat ini," kata Deveson sambil menambahkan Genopo saat ini bisa diunduh melalui Google Play Store.

PHYS | COMMUNICATIONS BIOLOGY