Insinyur Sistem Komputasi Genomik di Garvan Institute, Hasindu Gamaarachchi, menerangkan aplikasi yang dikembangkan dapat menjalankan alur kerja bioinformatika pada kumpulan data pengurutan nanopori yang diunduh ke ponsel cerdas. Proses rekayasa ulang yang dipelopori oleh Hiruna Samarakoon itu diperlukan untuk mengatasi sejumlah tantangan teknis karena berbagai kendala sumber daya pada smartphone.
"Aplikasi Genopo menggabungkan sejumlah alat bioinformatika yang tersedia ke dalam satu aplikasi Android, 'miniatur' untuk bekerja pada kekuatan pemrosesan perangkat Android," kata Gamaarachchi.
Baca juga:
Amerika Pilih Tes Covid-19 Pakai Antigen, Ini Bedanya dari Antiobodi dan PCR
Para peneliti menguji Genopo pada data sekuens mentah sampel virus yang diisolasi dari sembilan pasien Covid-19 di Sydney. Data juga melibatkan ekstraksi dan penguatan RNA virus dari sampel swab, mengurutkan DNA yang diperkuat dengan perangkat MinION dan menganalisis data di smartphone.
Mereka juga menguji aplikasi pada perangkat Android yang berbeda, termasuk model dari Nokia, Huawei, LG dan Sony.
Aplikasi Genopo membutuhkan waktu rata-rata 27 menit untuk menentukan urutan genom SARS-CoV-2 lengkap dari data mentah, yang menurut para penelitinya membuka kemungkinan untuk analisis secara real-time di lokasi pasien dirawat. Mereka juga menunjukkan bahwa Genopo dapat digunakan untuk profil metilasi DNA--suatu modifikasi yang mengubah aktivitas gen--dalam sampel genom manusia.
"Kami berharap ini akan membuat genomik lebih mudah diakses oleh peneliti untuk membuka informasi dalam DNA atau RNA untuk kepentingan kesehatan manusia, termasuk dalam pandemi saat ini," kata Deveson sambil menambahkan Genopo saat ini bisa diunduh melalui Google Play Store.
PHYS | COMMUNICATIONS BIOLOGY
